Nästan alla vattendrag och sjöar i Arboga är drabbade av övergödning. Övergödning leder till bland annat algblomning och syrefattiga vatten, vilken i sin tur kan leda till badförbud, fiskdöd och minskad biologisk mångfald.

Övergödningen beror på att vi människor tillför mer näringsämnen än vattnet mår bra av. I Sveriges inland är det framförallt näringsämnet fosfor som bidrar till övergödningen, men kväve bidrar även det. I de flesta vatten i Arboga har enskilda avlopp en betydande påverkan på tillförseln av näringsämnen. Jordbruket spelar också en stor roll.

I Arboga finns några viktiga grundvattenförekomster som ingår i vattenskyddsområden. De är skyddade för att de är viktiga dricksvattentäkter. Detta innebär att särskilda regler gäller för verksamheter och enskilda avlopp inom området. Vattenskyddsområdena som finns i Arboga är Lungeråsen Götlunda, Åsbo Lunger, och Frösshammarsön. Ett vattenskyddsområde för Hjälmaren håller på att tas fram.